主角工藤新一原本是高中生中的一名著名侦探。在目睹了黑暗组织的地下交易后,他在准备追查时被一次突然袭击惊呆了,并被注射了一种代号为“APTX4869”的未知药物。虽然他活了下来,但他的身体已经退化到小学的样子。 后来,他化名为江户川·柯南,并在邻居阿笠博士的建议下,住在侦探毛利小五郎(他女朋友毛利兰的父亲)的家里,继续秘密从事追踪黑暗组织的工作,并私下探索获得解药的渠道,希望恢复新一的原貌。 与此同时,柯南凭借自己的推理天赋和阿笠博士发明的道具帮助毛利小五郎成为了一名著名的侦探。 故事穿插了爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等诸多情节。